A vantagem de compilar a partir do código-fonte é que você pode compilar pacotes com determinadas opções / sinalizadores que podem estar ausentes / desabilitadas nos pacotes Ubuntu padrão de estoque. Além disso, facilita a instalação de várias versões do mesmo programa. Além disso, você pode escolher uma versão exata de um pacote que já pode ser removido ou ainda não está presente nos repositórios do Ubuntu (exemplo: eu tenho várias versões do Python 2.4.x no meu diretório / opt /, pois preciso que ele execute alguns Programas).
A desvantagem de compilar a partir do código-fonte é que, a menos que você construa um .deb e o instale, o procedimento normal "./configure; make; sudo make install" mantém o gerenciador de pacotes do Ubuntu completamente inconsciente das alterações que você está fazendo. não receberá nenhuma atualização para o software compilado manualmente; e é possível que o gerenciador de pacotes mais tarde substitua / quebre seu pacote se você não for cuidadoso em instalá-lo em um local separado.
Resumindo: sempre considere instalar primeiro a partir de repositórios padrão do Ubuntu, depois considere instalar um .deb; compile apenas a partir das fontes se você souber exatamente por que precisa fazer isso.