Obviamente, para a maioria dos pacotes, a resposta é trivial: se é alguma ferramenta ou biblioteca, deb é a única opção, enquanto, para alguns softwares proprietários, snap é a única opção.
Parece que o Ubuntu está pressionando e promovendo fortemente os pacotes Snap, citando vantagens em empacotamento, isolamento, segurança, atualizações, etc.
Um exemplo é o Firefox, que é um pacote que deve ser atualizado por razões de segurança e que, no passado, tinha conflitos com os mantenedores de pacotes de distribuição sobre segurança e marca (Iceweasel). No entanto, a Canonical escolheu enviar o Firefox como um pacote de deb.
Para pacotes com snap e deb, isso levanta a questão: Qual deles você deve instalar? E se a resposta for rápida, devo migrar ativamente os deb's instalados?