As linhas que começam com #$
são opções para qsub
, um comando usado para enviar uma tarefa ao cluster SGE, um sistema de agendamento explicado neste leia - me :
O uso do ambiente em cluster BIMSB (que em breve será chamado de MAX) é semelhante ao uso de ambientes unix / linux para o envio de tarefas (por exemplo, execução de scripts ou outro software). A diferença é que você precisa especificar os recursos necessários com antecedência. O cluster é controlado por um SGE (Sun Grid Engine Software) que organiza as filas e os recursos. Esse tipo de sistema de agendamento é necessário quando recursos computacionais limitados são compartilhados por muitos. E seria útil se você estiver executando alinhamentos para várias amostras e quiser distribuir essas tarefas (tarefas) por várias máquinas ou CPUs, ou ao executar simulações estatísticas que precisam ser executadas em várias CPUs por um longo tempo. Para esses casos e muitos mais similares,
O SGE fará o "agendamento de trabalhos". Isso significa que você pode enviar todos os seus trabalhos e o SGE os enfileirará e executará quando os recursos solicitados estiverem disponíveis. O SGE também alcançará "balanceamento de carga" onde os trabalhos serão distribuídos para que nós específicos não sejam sobrecarregados. Além disso, o SGE permitirá que você faça "monitoramento e contabilidade de trabalhos", o que será útil quando você quiser verificar se o seu trabalho está em execução e, se falhar, ajudará você a entender o que deu errado.
A sintaxe do qsub
comando é explicada em sua página de manual , seu script usa as seguintes opções:
-l h_rt=<hh:mm:ss>
- especifique o tempo máximo de execução (horas, minutos e segundos)
-V
- passar todas as variáveis de ambiente para o trabalho
-N <jobname>
- especifique o nome do trabalho. Você verá quando usar qstat
, para verificar o status de seus trabalhos.
-j y[es]|n[o]
- especifica se o fluxo de erro padrão da tarefa é mesclado ou não no fluxo de saída padrão
Como explica Como enviar um trabalho usando o qsub, é possível definir as qsub
opções diretamente no script nas linhas que começam com #$
. Essa é uma alternativa para transmiti-los com o qsub
comando na linha de comando.