Você precisa verificar e ver se seus discos estão realmente falhando. Existem ferramentas de linha de comando para monitorar dados SMART (que são os dados que o hd informa sobre sua própria integridade).
sudo apt-get install smartmontools gsmartcontrol
Gsmartcontrol é uma versão gui da mesma ferramenta e é muito fácil de usar. Selecione o disco e execute um teste curto ou longo, além de exibir os erros relatados pelo hd.
Para executar através da linha de comando, faça o seguinte
sudo smartctl -i /dev/sda
Verifique se o SMART está ligado. Se não,
sudo smartctl -s on /dev/sda
Finalmente, execute
sudo smartctl -a /dev/sda
ou se for uma unidade ata serial.
sudo smartctl -a -d ata /dev/sda
Consulte este link para obter mais informações sobre smartmontools.
http://sourceforge.net/apps/trac/smartmontools/wiki/TocDoc