Se você hibernar janelas (ou propósito ou por causa da economia de energia), use o ubuntu para armazenar arquivos na partição NTFS e, em seguida, inicialize as janelas, o Windows acha que o disco foi corrompido enquanto estava na hibernação e "corrige" algo diferente. Depois disso, o login no ubuntu apenas confirma que os arquivos foram realmente excluídos.
Também vi que o Windows 7 pode executar um chkdsk depois de instalar as atualizações no shudown quando você o traz de volta. O Windows executa tarefas extras relacionadas à instalação de atualizações, portanto, tenha cuidado para não inicializar no ubuntu depois de desligar as atualizações. http://www.linuxquestions.org/questions/linux-newbie-8/windows-chkdsk-deletes-files-written-by-ubuntu-on-an-ntfs-partition-913606/
Sim, mesmo em uma partição compartilhada, separe-se da partição do Windows e tome cuidado mesmo com partições gordas (unidades USB).
Fontes, /superuser/211079/what-do-i-have-to-take-care-of-when-hibernating-both-ubuntu-and-windows-dual-bo/211175#211175 , /superuser/39532/hibernating-and-booting-into-another-os-will-my-filesystems-be-corrupted
Edit: Eu estava olhando o site de viúvas para tentar descobrir se eles detalhavam o processo de hibernação, mas isso parece interessante http://msdn.microsoft.com/en-us/library/dd143253(v=winembedded.5).aspx Parece que, na melhor das hipóteses, o armazenamento em cache de gravação do disco rígido está sendo salvo na memória e, em seguida, gravado após a recuperação da unidade, isso pode significar que os arquivos não podem ser recuperados, porque não está "excluindo" como na remoção do primeiro letra do arquivo para que o sistema não o veja, mas substituindo grandes áreas de dados que foram armazenadas em cache. Precisa ser analisado em mais detalhes.