Não, não há configuração para isso. Na 16.04, essas opções relevantes são definidas no /etc/apt/apt.conf.d/10periodic
arquivo
Obviamente, a maneira mais fácil de alterar é através de Software e atualizações> Atualizações, que edita esse arquivo se você mudar do padrão.
Você pode editar esse arquivo manualmente, se desejar, ou criar algum comando para definir as opções como false ("0"
Edite /etc/apt/apt.conf.d/20auto-upgrades
para desativar as atualizações automáticas na linha de comando:
$ sudo nano /etc/apt/apt.conf.d/20auto-upgrades
Depois de abrir o arquivo, desative a diretiva Update-Package-Lists de 1 para 0, como mostrado abaixo:
APT::Periodic::Update-Package-Lists "0";
APT::Periodic::Unattended-Upgrade "1";