Embora você já tenha encontrado uma solução na qual pode clicar duas vezes, existe uma solução que facilita a execução na linha de comando:
Etapa 1 - Escreva um script
Isso já está coberto por uma resposta do LeonidMew , vou copiá-lo aqui:
#!/bin/bash
cd ~/MyDirectory
./myapp +some arguments
e depois
chmod u+x scriptname
Etapa 2 - Facilite a execução
Você precisa criar um diretório ~/bine fazer com que o bash procure por comandos. Então, no terminal, escrevemos:
mkdir ~/bin
mv scriptname ~/bin
vim ~/.profile
Aqui estou fazendo tudo no terminal, é claro que você pode criar um diretório direm seu diretório pessoal e também mover seu script para lá através de ferramentas gráficas com as quais você se sente confortável. Também estou usando o vim como editor, mas é um pouco difícil para iniciantes, recomendo que você aprenda, mas você pode usar um editor diferente (mesmo gráfico) para editar .profiledentro do diretório inicial, observe que este arquivo está oculto por padrão.
Você precisa adicionar o seguinte ao final desse arquivo
# set PATH so it includes user's private bin if it exists
if [ -d "$HOME/bin" ] ; then
PATH="$HOME/bin:$PATH"
fi
Se você estiver usando o vim, pressione ipara começar a adicionar texto e depois Escpara finalizar a adição. Depois disso, você entra :wqpara gravar o arquivo e sair. Ou, como eu já disse, use um editor mais simples.
Etapa 3 - Aproveite
Agora, não importa em que diretório você esteja, você sempre pode digitar scriptnamee pressionar Enter. Você também pode colocar outros scripts e aplicativos nos quais deseja executar ~/bin.