O motivo provável é que o plug-in Flash não pode tirar proveito de nenhum tipo de aceleração de hardware suportada pelo driver da placa de vídeo. Tudo é decodificado usando a CPU.
Os drivers Intel presentes no seu sistema permitem que o VLC use sua GPU em vez de sua CPU para renderizar o filme com aceleração de vídeo, o que é muito melhor por razões óbvias.
Além disso, a API de aceleração de hardware Flash (Stage Video) exige que os desenvolvedores realmente adicionem suporte a ela nos SWFs do player de vídeo.
Se o player de vídeo não tiver suporte embutido, mesmo que a versão do Flash que você possui tenha o VA ativado e seus drivers o suportem (parece que sim, já que o VLC aparentemente o está usando), seu vídeo será decodificado por meio da CPU.