Retirado daqui :
Você nunca deve usar o normal sudopara iniciar aplicativos gráficos como raiz. Você deve usar gksudo( kdesudono Kubuntu) para executar esses programas.
gksudodefine HOME=/roote copia .Xauthoritypara um tmpdiretório. Isso evita que os arquivos no diretório inicial sejam de propriedade da raiz.
Observe que isso é principalmente sobre arquivos de configuração . Se você executar o Nautilus como root, mesmo com gksu/ gksudo, e criar um arquivo ou pasta em qualquer lugar (incluindo no diretório inicial), esse arquivo ou pasta pertencerá root. Mas se você executar Nautilus (ou a maioria dos outros aplicativos gráficos) como rootcom sudo, eles podem salvar seus arquivos de configuração em seu diretório home (em vez de root'diretório home s). Esses arquivos de configuração podem ser de propriedade roote inacessíveis quando você não está executando como root, o que pode atrapalhar gravemente suas configurações e pode até impedir que alguns aplicativos funcionem completamente.
A solução, depois de cometer esse erro, é encontrar os arquivos de configuração e excluí-los ou chownvoltar a pertencer ao seu não rootusuário. Muitos desses arquivos começam com a .ou estão contidos em um diretório que começa com a .. Alguns estão localizados dentro da .configpasta no seu diretório pessoal. Para ver arquivos e pastas que começam com um .no Nautilus, pressione Ctrl+ H(isso mostra os arquivos ocultos .) Para vê-los ls, use o sinalizador -a(ou -A).
Para descobrir se há arquivos que não pertencem a você em seu diretório pessoal, você pode usar o seguinte comando em um terminal:
find $HOME -not -user $USER -exec ls -lad {} \;
que listará todos os arquivos no diretório inicial não pertencentes ao usuário.