Respostas:
O que eu pude entender, você tem que registrar o protocolo no gconf:
gconftool-2 --set --type=bool /desktop/gnome/url-handlers/ssh/enabled true
gconftool-2 --set --type=string /desktop/gnome/url-handlers/ssh/command 'gnome-terminal -e "%s"'
gconftool-2 --set --type=bool /desktop/gnome/url-handlers/ssh/needs_terminal false
( fonte )
Mas não consigo registrar o ssh no cromo. Ainda não tentei com o Firefox, mas estas instruções devem ajudar.
Você pode abrir o link ssh na linha de comando usando ssh username@hostname
(acho que você já sabe disso) se quiser acessá-lo via nautilus no gnome, poderá minimizar todas as janelas e pressionar [ctrl] + L, que abrirá uma caixa de diálogo. Digite seu URL ssh://username@hostname
e clique em Abrir.
Isso deve resolver a maioria dos seus problemas. O xdg-open só pode abrir a URL se a URL já tiver sido montada em algum lugar. Caso contrário, ele não poderá acessar os arquivos ssh.