A única diferença realmente grande entre instalar coisas do Software Center ou outra GUI e fazê-lo na linha de comando é quando as coisas dão errado.
Na maioria dos guis, as mensagens de erro de instalação são ocultas e fornecem apenas uma mensagem geral de que não funcionou. Quando você faz isso na linha de comando, vê todas as mensagens geradas. Geralmente, essas informações podem ser usadas para corrigir o problema ou informarão por que você provavelmente não deseja corrigi-lo. Por exemplo, a instalação do pacote interromperia ou desinstalaria outros pacotes que já estão instalados.
Às vezes, um pacote falha na instalação apenas porque uma de suas dependências não está instalada (e a instalação regular não corrige automaticamente isso como a maioria faz). Quando isso acontece, geralmente você pode instalar primeiro o pacote ausente e, em seguida, sua instalação será bem-sucedida.
Além disso, o apt-get irá informá-lo sobre outros pacotes associados que são "recomendados" junto com o seu pacote, para que você possa procurá-los e ver se deseja algum deles.
Ele também informa sobre os pacotes que foram instalados anteriormente que provavelmente não são mais necessários e informa como removê-los.
Você não deve adicionar / excluir pacotes de nenhuma dessas duas últimas etapas sem revisar cuidadosamente os pacotes envolvidos, mas geralmente é seguro.
No Ubuntu 12.04, os aplicativos recém-instalados são adicionados ao iniciador por padrão, mas isso só acontece nos aplicativos instalados usando o Centro de Software.