Respostas:
O GNOME 3.4 usa gsettings para os atalhos de teclado, enquanto o Ubuntu ainda usa gconf para os atalhos de teclado. Por esse motivo, não há uma maneira fácil de ativar os atalhos nativos para o gnome-shell.
Se você realmente deseja usá-los, é necessário habilitá-los manualmente para que funcionem.
Para o atalho de teclado do terminal, procure Teclado na visão geral do gnome-shell e abra-o.
Vá para Atalhos personalizados e adicione um novo atalho clicando no botão +. Adicione um nome relevante ao atalho. Digite gnome-terminal para o comando e adicione o atalho do teclado que você deseja.

E, para o outro, você precisa ter o dconf-tools instalado para ativar o atalho para o show-desktop .
Abra o dconf-editor, navegue para org→ gnome→ desktop→ wm→ keybindings→ show-desktop→ Altere o valor para '<Control><Alt>D'.

Se você quiser que outras opções também usem os atalhos nativos, procure-os no dconf-editor nas sub-opções mencionadas acima e modifique-os de acordo.
Referências: