Essa pergunta é um pouco antiga, mas o Unity ainda tem o mesmo problema. A solução está oculta nos plugins Compiz:
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager compiz-plugins
Inicie ccsm
(o Compiz Config Settings Manager) e localize
- Área de trabalho ► Plug-in Ubuntu Unity ► Switcher (guia)
Desative as combinações de teclas para as janelas seguinte e anterior Alt+ Tabe Shift+ Alt+ Tab, editando a tecla e excluindo seu conteúdo.
Em seguida, escolha um alternador de aplicativos diferente. O melhor para o objetivo parece ser o "Static Application Switcher". Você pode encontrá-lo retornando e realizando uma pesquisa (com o Filtro).
Ative suas combinações de teclas para janelas seguintes e anteriores clicando em Desativado. Então você será solicitado e poderá inserir Alt+ Tabe Shift+ Alt+ Tab.
Feche sscm
e agora você tem um ícone para cada janela aberta no alternador de aplicativos, sem mais grupos irritantes.