Atualizei para o Ubuntu 12.04 esta manhã. Após a atualização, iniciei o Eclipse e notei que faltava integração Java: as perspectivas do Java haviam desaparecido, a opção de criar um novo projeto Java estava faltando, o item de menu para criar projetos Java existentes ficou acinzentado etc. Tudo estava funcionando bem antes de atualizar.
:~$ echo $JAVA_HOME
/usr/lib/jvm/default-java
:~$ which java
/usr/bin/java
Se eu puder fornecer outras informações úteis, entre em contato. Ainda sou relativamente novo no mundo Linux / Java, por isso agradeço antecipadamente pela ajuda.