Atualmente, não é possível alterar o local das notificações. Pelo design, eles devem aparecer no canto superior direito da tela principal, mas devido a esse erro:
https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/notify-osd/+bug/331369
eles sempre aparecerão no seu monitor mais à direita.
Costumava haver um patch para notificar-osd por Roman (Leolik) Sukochev que permitia ao usuário alterar o comportamento da notificação, mas ainda não foi portado para 12.04.
No momento, você só pode esperar a correção do bug ou a nova versão do patch de Leolik ou definir o monitor do laptop para o lado direito.
TAMBÉM: neste caso, não importa se o seu monitor é 'laptop' ou externo; portanto, sua pergunta é uma duplicata de: notify-osd e monitores duplos, conforme declarado pelo usuário59621.