Em quase todas as grandes distribuições modernas do Linux e nos últimos lançamentos das distribuições baseadas no Ubuntu, o touchpad foi configurado para receber cliques direito, esquerdo e do meio e você pode configurá-los facilmente. O clique do meio geralmente é feito com um toque de dois ou três dedos.
No Ubuntu 12.04, não vi onde ativar o clique do meio e ele não está ativado por padrão.
/etc/X11/xorg.conf
. Algumas instruções para trackpads Synaptics: askubuntu.com/a/126539/43660