O VMWare Workstation não é enviado em uma deb, portanto não está registrado no dpkg (é por isso que você não pode encontrá-lo no centro de software). Porém, ele possui um utilitário de instalação e desinstalação.
Para desinstalar a Estação de Trabalho VMWare, você precisará executar:
sudo vmware-installer --uninstall-product vmware-workstation
Se você acabou de executar:
vmware-installer
por si só, imprimirá todas as opções disponíveis. Se você executar:
vmware-installer -l
Ele imprimirá uma lista de todos os produtos VMWare que você instalou.
Da mesma forma, para desinstalar o VMWare Player:
sudo vmware-installer --uninstall-product vmware-player