Não importa nos sistemas baseados em Linux, se você usa uma extensão .txt ou não. De fato, não existe uma 'extensão de arquivo' especial como no Windows - é apenas parte do nome. Os tipos MIME são usados para determinar o tipo do arquivo.
Se, no entanto, você deseja compartilhar um arquivo com pessoas que ainda estão usando o Windows, elas terão que optar por abrir manualmente os arquivos de texto com o bloco de notas, a menos que você use uma extensão .txt.
Existem outras considerações de compatibilidade. Por padrão, o Bloco de Notas não mostra novas linhas corretamente, porque usa uma linha diferente que termina no Linux e outros sistemas similares ao Unix. O editor de texto mostrará os arquivos de texto no formato Windows corretamente, mas pode ser necessário pressionar backspaceduas vezes para remover uma nova linha.
Usando um editor de texto chamado Geany, você pode converter entre tipos de final de linha através do Document -> Set Line Endings
menu. Isso também pode ser possível no editor de texto padrão (Gedit), mas não sei como fazê-lo.
Pessoalmente, eu não usaria a extensão .txt ou as terminações de linha do Windows para uso diário, mas converteria os arquivos quando necessário para compartilhá-los com os usuários do Windows.