Respostas:
Versão 2.6
Shift+ Clickno globo ocular, na camada que você deseja manter visível.
Versão 2.8
Instalado a partir de http://www.noobslab.com/2012/04/install-gimp-28-on-ubuntu-1204-precise.html
sudo add-apt-repository ppa:otto-kesselgulasch/gimp
sudo apt-get update
sudo apt-get install gimp
O Gimp 2.8 ainda alternará as camadas visíveis usando Shift+ Clickno globo ocular, mas agora com as camadas dentro dos Grupos de camadas, o Gimp respeitará as camadas invisíveis ou visíveis dentro de um grupo. Há uma discussão aqui pelos desenvolvedores - 1
O que isso significa é que, quando você torna uma camada invisível dentro de um grupo, ela fica invisível ao alternar a visibilidade de outras camadas e grupos.
Antes de alternar e depois de alternar, estou alternando a visibilidade da camada apontada pela seta vermelha-
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Observe que a camada dentro do grupo de camadas permanece invisível ao alternar o outras camadas com Shift+Click
Agora, para as más notícias, isso também significa que, ao tentar alternar a visibilidade de várias camadas Dentro de uma camada Grupo Não funciona, apenas selecionando a visibilidade do grupo como um todo,
Observe que estou alternando a visibilidade da camada apontada pela seta vermelha, mas apenas as camadas fora do grupo são afetadas.
Ainda não encontrei nenhuma solução alternativa para esse comportamento.