No google-chrome, você pode criar um arquivo pdf para um site inteiro usando uma extensão. Pessoalmente, uso a extensão Web2PDF Converter que cria um PDF com apenas um clique.
Aqui está uma captura de tela deste plug-in, fornecida pelo site da loja de extensões do Google.
Além disso, você pode ver um PDF criado por mim com esta ferramenta, baixando o próximo (clique direito, salvar o destino como): http://geppettvs.servehttp.com/resources/askubuntu-com.pdf (alguns navegadores como google- chrome pode permitir que você veja isso on-line).
E se você deseja editar os PDFs criados pela extensão para remover a assinatura digital colocada pela extensão na parte inferior de cada página ou para remover qualquer outra coisa, dê uma olhada no seguinte: Remover informações de texto de um PDF?
Boa sorte!
for file in *.html ; do ebook-convert "$file" "${file%.html}.pdf" ; done
e converteria todos os arquivos html da pasta para PDF.