O seguinte funciona para os terminais gnome3. Ele usa o xdotool para automatizar a interação com o menu do terminal gnome, já que os atalhos de teclado disponíveis são limitados no momento.
Eu criei dois perfis. O primeiro no menu Terminal-> Perfis é o meu padrão e indica uma máquina local. O segundo é o meu esquema de cores para uma conexão remota à máquina66.
Em seguida, defini os seguintes aliases no meu bashrc:
alias first_profile="xdotool key F10 Right Right Right Right Down Right Return"
alias second_profile="xdotool key F10 Right Right Right Right Down Right Down Return"
alias go66="second_profile; ssh remotemachine66; first_profile"
O first_profile e o second_profile apenas usam xdotools para clicar em f10 (abra o menu) e, em seguida, vá para o terminal, desça 1 até a seleção de perfis e selecione o primeiro ou o segundo perfil.
O go66 primeiro chama second_profile para definir as cores, o ssh está na máquina remota. Ao sair, o ssh first_profile é chamado, retornando o perfil ao perfil local.
É desajeitado, mas funciona. Fico feliz em ouvir sugestões de aprimoramento.