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Para adicionar o Guake à bandeja do sistema do Unity, você precisa adicioná-lo à lista de permissões do sistema

Usando dconf-editor(instalado usando o dconf-toolspacote), navegue como mostrado e adicione guakeà lista de permissões.
Em seguida, basta iniciar o aplicativo via guake ¶ que ele apareça na bandeja do sistema.
Verifique se as propriedades do seu guake ( guake -p) estão com a caixa de seleção da bandeja do sistema:

A capacidade de colocar aplicativos na lista de permissões foi removida do Unity.
O argumento dos desenvolvedores é que os aplicativos deveriam ter sido atualizados para suportar os indicadores do Ubuntu.
Não existe um método direto para fazer isso sem adicionar um PPA adicional.
sudo add-apt-repository ppa:gun101/ppa
sudo apt-get update
sudo apt-get install guake-indicator
Procure por "indicador Guake" no painel para iniciar o indicador de aplicativo
Você só pode colocar lançadores no painel do lançador Unity (esquerdo).
Outra idéia seria usar o plug-in "Commands" do compiz e vincular o guake à parte superior da tela. Você precisará clicar na parte superior da tela em vez de em um ícone.