Os arquivos no diretório /usr/local/não estão sob o controle do sistema de gerenciamento de pacotes Debian. Portanto, é uma boa prática inserir o código-fonte do seu programa /usr/local/src/. Por exemplo, você pode extrair os arquivos de um pacote chamado "foo.tar" para o diretório /usr/local/src/foo. Depois de compilá-los, coloque os binários /usr/local/bin/, as bibliotecas /usr/local/lib/e os arquivos de configuração /usr/local/etc/.
Se seus programas e / ou arquivos realmente precisam ser colocados em algum outro diretório, você ainda pode armazená-los /usr/local/e criar os links simbólicos apropriados do local necessário para o local em /usr/local/, por exemplo, você pode criar o link
ln -s /usr/local/bin/foo /usr/bin/foo
De qualquer forma, se você obtiver um pacote cujos direitos autorais permitam redistribuição, considere criar um pacote Debian e enviá-lo para o sistema Debian. As diretrizes para se tornar um desenvolvedor de pacotes estão incluídas no manual de políticas da Debian.
Retirado de: http://www.debian.org/doc/FAQ/ch-compat.en.html