Testado no Nautilus 3.4.2 no Ubuntu 12.04 / 12.10 (mas funciona em quase todos os cenários)
Abra gnome-terminal
( Ctrl+ Alt+ T).
Digite ls /
.
Copie o nome da pasta que você deseja ocultar.
Pressione Alt+ F2e digite gedit
.
Cole todos os nomes que você deseja ocultar da seguinte maneira:

Imagem extraída de Outra maneira de ocultar pastas de arquivos no Ubuntu por Meilin
Salve o arquivo ( Ctrl+ S) no diretório /
com o nome .hidden
(sem asterisco, como visto na imagem acima).
Atualize a página e eles se foram.

Imagem de Como ocultar arquivos e pastas - EuroBytes
Se você quiser que eles sejam escondidos mais tarde ...
Para reexibir as pastas, você pode:
- remova os nomes do
.hidden
arquivo ou
- basta pressionar Ctrl+ Hpara visualizar todos os arquivos e pastas ocultos.
Referência: