Respostas:
Não há lixo na versão do servidor. O rmcomando o exclui.
rmna área de trabalho ou no servidor, eles serão excluídos imediatamente.
Você não diz como exclui arquivos.
Pode haver um "lixo" se você usar algum gerenciador de arquivos no modo de texto, por exemplo.
Mas vamos supor que você use o rmcomando no shell:
Normalmente, rmbasta excluir os arquivos, sem usar um "lixo". Mas, por várias razões, como instalar algo acidentalmente ou usar um exemplo .bashrcsem verificar, pode ser outra coisa - é fácil verificar, então você deve: Use command -vpara descobrir qual comando você está executando com o nome rm:
$ command -v rm
/usr/bin/rm
Isso parece bom (1). Igualmente, /bin/rmseria bom.
Se rmfor alterado para usar a lixeira, pode ser assim:
$ command -v rm
alias rm=trash-put
ou
$ command -v rm
alias rm=gvfs-trash
Normalmente, essa alteração é aplicada apenas quando rmusada em um shell interativo.
Além disso, você pode verificar se libtrashestá instalado de alguma forma. Altera como os programas funcionam, inclusive rmno nível de chamada da biblioteca.
(1) Na verdade, /usr/bin/rmpode ser safe-rmde um pacote com o mesmo nome:
$ ls -l /usr/bin/rm
lrwxrwxrwx 1 root root 7 Feb 1 2014 /usr/bin/rm -> safe-rm
Respondendo a uma pergunta de um comentário:
Se winscpfor uma implementação de scp, não será possível excluir arquivos com ele; Você copia arquivos para outra máquina, para obter mais cópias. Você pode usá-lo para substituir arquivos, no entanto - mas não é disso que você fala.