Eu sempre achei a Unison muito útil. Ele possui uma interface baseada em texto ou GUI e várias opções diferentes para ajustá-lo ao que você deseja (com um pouco de brincadeira). Demora um pouco de tempo para fazer a primeira sincronização, mas depois disso é brilhante. Você pode fazer a sincronização unidirecional, como quiser, mas isso acontecerá automaticamente. Ele também pode excluir do backup ou não, conforme você escolher.
Você também pode encontrar problemas com permissões que são suportadas no formato de arquivo ubuntu, mas talvez não no disco rígido externo (dependendo se o disco rígido externo será usado em uma máquina Windows, isso pode ser uma boa coisa), então convém sincronizar sem as permissões potencialmente.
De qualquer forma, o mais interessante é que, com o tutorial, é relativamente simples configurá-lo uma vez e, posteriormente, é uma interface GUI sempre que você deseja fazê-lo.
Aqui estão algumas informações sobre isso:
http://www.ubuntugeek.com/unison-file-synchronization-tool.html
E aqui está o tutorial:
http://www.cis.upenn.edu/~bcpierce/unison/download/releases/stable/unison-manual.html#tutorial