Sua única opção é Portable Signer. Faça o download e execute o jar. No entanto, requer uma chave privada em um arquivo p12 (não é compatível com o SmartCard).
Você pode esperar ferramentas de assinatura de documentos do Ubuntu, como qdigidoc ou gpg, mas não, elas não brincam com assinaturas em PDF.
Você pode esperar que as ferramentas de manipulação de PDF do Ubuntu, como qpdf, que fornece criptografia, ou pdftk, que fornece marca d'água, forneçam recursos de assinatura também, mas, não, eles não.
A lista total de ferramentas de código aberto disponíveis para seu objetivo é:
http://wiki.cacert.org/PdfSigning
Infelizmente, nenhuma das ferramentas é atualmente mantida e nenhuma pode ser encontrada nos pacotes Ubuntu. O Portable Signer é o mais bem conservado de todos.
- O Portable Signer não é atualizado desde 2014 - este é o mais bem conservado entre todos.
- O jSignPdf não é atualizado desde 2013.
- O jPdfSign não é atualizado desde 2006.
- O PDFSigner do CACert usa a ferramenta iText desatualizada.
- O OpenSignature não é atualizado desde 2008.
- O link da Pegada está quebrado.
- jPDFSecure (comercial) - atualizado em 2017, mas é uma biblioteca Java e não uma ferramenta do usuário.