Problema com um seqüenciador de DNA

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Recentemente, eu obtive o sequenciador do genoma USB (DNA) MinION, que para minha decepção não parece estar funcionando corretamente no Ubuntu.

Estou usando a versão 12.04 do Ubuntu. O seqüenciador é detectado corretamente pelo script / driver que o acompanha, mas parece incapaz de detectar a amostra.

Estou anexando a captura de tela do processo. Qualquer ajuda seria muito apreciada!

insira a descrição da imagem aqui

drivers usb

— Richard Rodriguez
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Tente executar o script / amostra de coleta de programa como root comgksu

— nanofarad

O dispositivo lança algumas mensagens úteis em / var / log / syslog ou algo assim?

— Christian

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Visto que o dispositivo é detectado corretamente pelo script, parece mais provável que o seu problema esteja do lado do sequenciador genético, em vez de ser um problema do Ubuntu. Existem outros utilitários que permitirão a comunicação com o seqüenciador para outros recursos, talvez uma rotina de calibração? Se o Ubuntu puder se comunicar com a máquina e fazê-la fazer outras coisas, eu esperaria que o problema fosse com o seqüenciador de genes, e não com o computador. Outro teste possível é tentar usar outro sistema operacional, se houver software disponível. Por fim, verifique se o seqüenciador possui o firmware mais recente e se o software que você está usando para conectar está atualizado.

— Danbsmith
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Há outra coisa sobre a qual vou especular, ou seja, executá-lo a partir do shell pode não tirar o máximo proveito da prioridade. Este é o seqüenciador de nanoporos de Oxford que precisa de autenticação completa antes que um possa ser permitido em sua grade. Ele não tem informações suficientes para executar e acessar a amostra - é o que eu acho.

— all4naija

Este é um seqüenciador de DNA independente. Sua interface provavelmente é um adaptador de porta serial USB normal com o qual o script fornecido está falando - que parece estar funcionando corretamente. Concordo que o problema provavelmente está no final do sequenciador, e não na interface com o computador. O GridION não é uma plataforma de "computação em nuvem", é um conjunto paralelo de sequenciadores de genes para trabalhos maiores.

— Adrian

Para obter mais informações: nanoporetech.com/technology/the-gridion-system/…

— all4naija

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Um palpite: poderia ser um problema de permissão? Alguns dispositivos funcionam bem em algumas operações quando executados como um usuário comum, mas requerem rootprivilégios para executar outras operações. Assim, você pode tentar sudo ./gseqe ver se isso ajuda. Se isso ajudar, mas você não quiser executar rooto tempo todo, poderá rastrear o (s) arquivo (s) do dispositivo e alterar suas permissões para obter acesso ao dispositivo usando sua conta normal. Isso provavelmente envolveria a criação de regras do udev. Não vou falar disso aqui, já que esta solução é um pouco distante.

— Rod Smith
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É possível que a vida útil de 6 horas do dispositivo tenha sido excedida? Parece provável que seja mais um erro de dispositivo ou um problema de processo. O suporte técnico do MinION deve ser o seu principal contato para resolver esse problema, pois parece que o programa está se comunicando com o dispositivo.

Chris

— fabricator4
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