Eu sei que é um Q antigo, mas ainda relevante, e o Google me trouxe aqui (outros virão).
A resposta aceita está parcialmente correta; por padrão, você não pode definir permissões executáveis dentro de uma partição NTFS ou FAT (pelo menos para o Ubuntu e até a data).
Mas você pode mudar isso , alterando a maneira como sua partição NTFS é montada. Ou seja, (escolhendo e) configurando o driver NTFS que monta suas partições.
O NTFS suporta todas as permissões necessárias *, mas o driver precisa saber como lidar com elas para que não interfira com outros sistemas operacionais.
Não é ciência de foguetes, mas forçará você a entender coisas com as quais você pode não se importar!
Veja esta resposta (extremamente concisa) a uma pergunta relacionada:
/ubuntu//a/74851/239919
* Suporta propriedade e leitura / gravação / execução, para usuário e grupo, não sabe sobre setuid ou stickybit.