Eu acho que depende muito de como você fez o seu 'download'.
Se você está falando de uma atualização do apt-get, atualize a sequência, como root, você agrupa seus comandos usando o && (a sequência só continua se não houver erros)
sudo su -
apt-get update && apt-get upgrade && shutdown -h now
Se você está falando sobre um download (por exemplo, usando o wget) [novamente, agrupe os comandos usando a notação &&, garantindo que os comandos sejam executados em ordem somente se o comando anterior tiver êxito]
sudo su -
wget -t0 -c http://somedownloadsite/path/file.foo && shutdown -h now
Se o seu download foi feito por um cliente gráfico (GUI), isso dependeria dos mecanismos desse cliente para executar scripts após um download bem-sucedido.