Respostas:
Os aplicativos que estão no menu de mensagens possuem um arquivo no diretório do sistema de:
/usr/share/indicators/messages/applications/
Esse diretório contém arquivos que possuem os caminhos para os arquivos da área de trabalho para esses aplicativos. Você também pode ter um destes em seu diretório pessoal com este caminho:
~/.config/indicators/messages/applications/
Então, digamos que eu queira adicionar o Thunderbird ao meu menu de mensagens. Eu faria algo assim:
$ mkdir -p ~/.config/indicators/messages/applications/
$ echo /usr/share/applications/thunderbird.desktop > ~/.config/indicators/messages/applications/thunderbird
Você precisará reiniciar sua sessão (sair e entrar novamente) na primeira vez que criar o diretório de aplicativos.
Aqui está um exemplo de uso de um aplicativo python.
A documentação e o exemplo de código para fazer isso podem ser encontrados aqui no Portal do desenvolvedor .
Nota do editor: a página não existe mais, portanto substituí o link inativo por um instantâneo de arquivo morto a partir de junho de 2013. Outros links na página vinculada podem estar quebrados e as informações desatualizadas
killall gnome-panel
funcionará, você não precisa sair.