O skype versão 4 está definido como um dos meus programas de inicialização. Sempre que o skype é iniciado, ele aparece no modo de janela cheia. Preferencialmente, gostaria que ele iniciasse apenas como um ícone na bandeja do sistema.
Em Configurações - Geral, marque a caixa "Iniciar o Skype minimizado na bandeja do sistema". Isso deve fazer com que seja aberto minimizado. (Faz pelo menos no gnomo 3)