Versões recentes do CUPS adicionaram a capacidade de imprimir PDFs diretamente. 11.10 e versões mais recentes (e possivelmente mais antigas) possuem isso.
Outra abordagem (que eu uso com o meu pacote emulador de impressão frente e verso) é usar o recurso Imprimir em arquivo para todos os seus trabalhos de impressão e colocá-los em uma pasta que efetivamente se torna sua fila de impressão pessoal. Uma vez lá, você pode imprimir alguns ou todos eles quando quiser e excluí-los quando terminar.
Isso tem a vantagem adicional de permitir que você execute novamente os trabalhos após um congestionamento de papel, etc., sem recriá-los do zero. Ele também permite que você continue trabalhando sem parar para gerenciar sua impressora.
Se desejar, escreva um pequeno script que será executado em segundo plano e comece a imprimir as coisas que aparecem na sua fila de impressão. Se você fizer isso, poderá nomear seus trabalhos de impressão para que eles sejam classificados na fila na ordem em que você deseja que eles sejam impressos. Eu apenas uso 00 ... 99 para nomes.
Para arquivos de texto, procure aqueles que podem ter linhas longas. O CUPS (pelo menos por padrão) não quebra as linhas para você nem configura margens de página agradáveis.
Meu sistema de impressão dúplex faz muito mais do que você está solicitando, mas pode lhe dar algumas idéias. Notavelmente, ele possui dois pequenos scripts auxiliares dprint e dprintm, que pegam o texto e o doam um pouco antes de enviá-lo para a impressora.
http://sourceforge.net/projects/duplexpr/