Atualizar
Maneira fácil a partir das 12.10:
Vá para o Software Center, procure o aplicativo da web específico e desinstale-o. Por exemplo
unity-webapps-gmail
ou unity-webapps-googledocs
Difícil, para versões 12.04 e mais antigas do Ubuntu
Pressione Alt+ F2, execute dconf-editor
.
Agora vá para com → canônico → unidade → webapps.
Edite Allowed domain value
e remova a entrada indesejada.

Para evitar mais pop-ups para um site, adicione o URL do site a:
Raposa de fogo :Edit>preferences>General> Desktop integration > exception
ou
Cromada : Settings > Extension > Desktop integration > Exception