Este é um bug relatado na maneira como os aplicativos SWT (como Eclipse e Lotus Notes) lidam com o menu de aplicativos.
Como solução alternativa, crie este script:
#!/bin/bash
export UBUNTU_MENUPROXY=0
_path_to_downloaded_eclipse_/eclipse
Se você instalou o eclipse com o Software Center, use which eclipse
para determinar o caminho.
Torne esse arquivo executável e tente executá-lo. Você pode usar o "Menu principal" (pesquisar no Dash) para criar um iniciador para que ele apareça no Dash.
Isso deve mover os menus da barra superior do Unity para a janela do eclipse. Depois que o bug for corrigido, você poderá executar o eclipse normalmente.
Outra pergunta tem uma descrição muito mais completa do menu de aplicativos desativados para qualquer aplicativo .