Na verdade, existem 2 tipos diferentes de copiar e colar - existe o fornecido pelo sistema gráfico X11 subjacente e o fornecido pelo seu gerenciador de janelas (Gnome, KDE, etc).
Destacar texto sem clicar é suficiente para copiá-lo para o espaço no buffer X11, e clicar com o botão do meio colará nele. Se você usar control-X ou control-C, também usará o espaço do buffer do gerenciador de janelas (já que você precisou destacá-lo para usar essas teclas), mas apenas um control-V obterá o texto - clicar no meio não.
Para tornar as coisas mais confusas, o copiar e colar do gerenciador de janelas também funcionará com itens que não são de texto, portanto, mesmo que seu destaque tenha inserido algum texto nos dois buffers, você poderá ter alguns arquivos ou dados complexos no buffer do gerenciador de janelas e os dois estarão fora de sincronia.
Alguns aplicativos são inteligentes o suficiente para entender e usar os dois, outros não. As janelas de terminal geralmente são da variedade estúpida quando se trata de copiar e colar. Geralmente, há configurações para cada aplicativo para lhes dizer como corrigir a bagunça de copiar e colar, mas configurá-las corretamente é muito trabalhoso. O Ubuntu obtém a maioria deles por padrão, eu acho.
A situação era historicamente muito pior e levou ao freedesktop a definição de padrões em torno dela:
http://standards.freedesktop.org/clipboards-spec/clipboards-latest.txt