Resposta bastante simplificada é que o Zeitgeist registra seus arquivos acessados, sites visitados etc. (ações de uso do computador) e os armazena LOCALMENTE. Se sua senha estiver vulnerável, o banco de dados Zeitgeist também estará vulnerável. Vários programadores do Linux investigaram profundamente 'o Z está carregando algo para você' e a resposta é não, não é. É para facilitar pesquisas e 'melhor ajuste' apenas à sua consulta local. Dito isto, se você estiver usando o Firefox, Chrome etc. como navegador, seu navegador já está registrando suas ações e ESTÃO sendo carregadas, dependendo do site que você visita e do que eles querem saber em relação aos metadados.
Se quiser desativar o Zeitgeist local, basta ir para CONFIGURAÇÕES DO SISTEMA> CONFIGURAÇÕES DE SEGURANÇA E PRIVACIDADE (no 14.04LTS, sua versão pode variar) e, na guia Arquivos e aplicativos, desative o botão 'Gravar arquivos e aplicativos'. Se você estiver realmente preocupado, exclua seu histórico também. Isso limpa o banco de dados. Agora, o Zeitgeist é residente, mas está desativado.
Minha paranóia decorre muito mais do registro de QUALQUER navegador que eu uso, depois do Linux ou Ubuntu.