Respostas:
Tecnicamente, os .confarquivos /etc/init/são arquivos de configuração, assim você pode editá-los.
No Ubuntu 11.04 e posterior, você pode usar os .overridearquivos para modificar os trabalhos do Upstart sem modificar o .confarquivo: Para modificar o trabalho fooconforme definido em /etc/init/foo.confcriar /etc/init/foo.overridee colocar em parentes o que você deseja alterar.
Infelizmente, a documentação para os .overridearquivos parece um pouco ruim, por isso não tenho muita certeza dos detalhes aqui.
Introdução inicial, livro de receitas e práticas recomendadas usa um overridearquivo que contém uma manualestrofe para impedir que um trabalho seja iniciado automaticamente:
echo "manual" >> /etc/init/myjob.override
Apenas copiar o .confarquivo para o .overridearquivo também parece funcionar.
.overridearquivo podem ser encontrados no arquivo do Upstart Blog
bumé apenas para SysV, não para Upstart