Respostas:
O ícone realmente deve estar lá, pois o pacote cryptkeeper contém dois arquivos de ícones.
/usr/share/pixmaps/cryptkeeper.png
/usr/share/pixmaps/cryptkeeper.xpm
Posso sugerir que você crie sua própria versão modificada do pacote? Modificar arquivos em seu sistema pertencentes a pacotes gerenciados por seu gerenciamento de pacotes geralmente não é uma boa ideia.
Reconstruir pacotes e fazer suas alterações não é muito difícil quando se trata apenas de alguma substituição de arquivo. Muito curto how-to: apt-get source packagename, cd packagename..., faça as alterações, modificar o debian/changelogarquivo usando dch, debuild -uc -us, dpkg -i ....