Respostas:
GTK e Qt são kits e ferramentas de interface do usuário. GTK é o kit de ferramentas padrão para o GNOME / Ubuntu, enquanto o Qt é usado no KDE / Kubuntu. Do ponto de vista do usuário, eu diria que são apenas os looks que diferem.
Além de pequenas diferenças de layout e aparência, a versão GTK também possui um recurso de pesquisa rápida para atalhos / abreviações que o QT não possui, o que permite que você use uma tecla de atalho como CTRL+ SPACEpara abrir uma caixa de pesquisa e encontrar abreviações rapidamente. Isso ajuda bastante quando você tem centenas de abreviações para tentar se lembrar.
Outra diferença é que, se você estiver no Ubuntu, talvez ainda não tenha todo o material QT instalado. No Kubuntu, você pode não ter todo o material do GTK instalado. Por isso, pode tornar o download muito maior.