Estou vendo esse comportamento indesejado desde que o Unity chegou ao Ubuntu. O Iniciador da Unity "rouba" aleatoriamente o ponto final para as animações minimizadas de Docky. Em outras palavras, quando clico em um ícone no Docky para minimizar uma janela, essa janela é minimizada para o Unity em vez do Docky. Isso acontece na maioria das vezes em todas as janelas, embora, às vezes, também aleatoriamente, aconteça que as janelas sejam minimizadas para o Docky, mas muito raramente.
Veja como fica quando minimizo uma janela: Veja como as duas animações devem ficar: