Primeiramente, você não poderá simplesmente copiar os arquivos no diretório .gconf enquanto o usuário estiver conectado, pois a instância em execução terá precedência e alterar os arquivos de fora do processo não terá efeito.
E o Shotwell usa o dconf para armazenar suas configurações agora, então você provavelmente precisará exportá-las de uma instalação e depois importá-las na nova instalação. Não sei se o próprio Shotwell possui algum recurso de exportação / importação para fazer backup e restaurar configurações, mas alguns aplicativos o fazem.
Para exportar / importar do / para o gconf enquanto estiver em execução, você pode usar o gconftool
utilitário de linha de comando com as opções --dump e --load. Infelizmente, parece que o gsettings
comando não tem opções semelhantes.