Como instalar o rgdal no Ubuntu 12.10?


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Estou lutando para instalar a rgdalbiblioteca no Ubuntu 12.10.

A instalação a partir do R resulta em erro:

Erro: gdal-config não encontrado O script gdal-config distribuído com o GDAL não pôde ser encontrado. Se você não instalou as bibliotecas GDAL, pode fazer o download da fonte em http://www.gdal.org/ Se você instalou as bibliotecas GDAL, verifique se o gdal-config está no seu caminho. Tente digitar gdal-config em um prompt de shell e veja se ele é executado. Caso contrário, use: --configure-args = '- with-gdal-config = / usr / local / bin / gdal-config' com os valores apropriados para sua instalação.

ERRO: falha na configuração do pacote 'rgdal' * removendo '/home/rdk/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.15/rgdal' Aviso no install.packages: a instalação do pacote 'rgdal' teve saída diferente de zero status

R-sig-Geo , essas duas perguntas de SE e outros sites me indicaram os requisitos de libgdal1-dev.

Mas quando eu tentei

sudo apt-get install libgdal1-dev

Acabo com outra mensagem de erro

Alguns pacotes não puderam ser instalados. Isso pode significar que você solicitou uma situação impossível ou, se estiver usando a distribuição instável, alguns pacotes necessários ainda não foram criados ou removidos do Incoming. As informações a seguir podem ajudar a resolver a situação:

Os seguintes pacotes têm dependências não atendidas: libgdal1-dev: Depende: libgdal-dev, mas não será instalado. E: Incapaz de corrigir problemas, você manteve pacotes quebrados.

Mais uma vez - quando tento instalar libgdal-devoutro erro de dependências aparece

Os seguintes pacotes têm dependências não atendidas: libgdal-dev: Depends: libgeos-dev, mas não será instalado Depends: libspatialite-dev, mas não será instalado

Novamente tentar libgeos-devdá a mensagem:

Depends: libgeos-c1 (= 3.3.3-1.1) but 3.3.3-2~precise2 is to be installed
E: Unable to correct problems, you have held broken packages.

e libspatialite-dev:

Depends: libspatialite3 (= 3.1.0~rc2-1ubuntu1) but
3.1.0~rc2-2~precise1 is to be installed

Existe alguma maneira de domar essas dependências e rgdalrodar no Ubuntu?

Minhas sessionInfo()

R versão 2.15.1 (22-06-2012) Plataforma: x86_64-pc-linux-gnu (64 bits)


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No Ubuntu 12.04, a instalação da libgdal-dev e da libgdal1-dev funcionou bem - talvez seja porque o Quantal (12.10) seja bastante novo e os mantenedores de pacotes ainda não tenham atualizado as versões corretas? (Na verdade, por que é dizendo que vai instalar 3.3.3-2~precise2quando você está em quântica?)
mathematical.coffee

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@ mathematical.coffee Está correto. Eu fiz isso no QQbeta2 há algumas semanas, mas não me lembro como. Tente configurar o repositório CRAN em /etc/apt/sources.list para em precisevez de quantal.
Ari B. Friedman

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Você olhou se poderia obter r-cran-rgdal através do PPA de Michael?
Dirk Eddelbuettel 26/10/12

mathematics.coffee: Pode muito bem ser cedo demais então. Ari: Atualizei o repositório CRAN - obrigado pela dica. Dirk: Perdoe minha ignorância - estamos falando de launchpad.net/~marutter/+archive/c2d4u
radek

@radek, dada a resposta de Josh O'Brien abaixo para 14.04, pode valer a pena editar sua pergunta para torná-la mais geral para outros lançamentos do Ubuntu. Eu acho que seria útil ter uma pergunta canônica para isso.
amc

Respostas:


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Uma resposta mais recente pode ser encontrada aqui: http://robinlovelace.net/r/2013/11/26/installing-rgdal-on-ubuntu.html .

Essencialmente, as três seguintes linhas de código devem classificá-lo:

sudo apt-get install aptitude # install aptitude as an alternative to apt-get
sudo aptitude install libgdal-dev # install the package (you may have to respond to queries here)
sudo aptitude install libproj-dev # install the proj.4 projection library

Passou muito tempo com esse problema, então espero que esta resposta atualizada seja útil para outras pessoas. Deixe-me saber se sim!


Tive um problema com rgdalmais uma vez ... e tropeço na minha própria pergunta aqui. Desta vez, sua solução resolveu o problema.
Radek

Isso é útil. Muito obrigado por reservar um tempo para registrar essas etapas.
Josh O'Brien

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sudo apt-get install r-cran-rgdal # este comando também faz isso e instala automaticamente as dependências
RobinLovelace

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Tente executá-los todos juntos e especificar as versões, assim:

sudo apt-get install libgdal1-dev libgdal-dev libgeos-c1=3.3.3-1.1 libspatialite3=3.1.0~rc2-1ubuntu1

O apt-get não gosta de fazer o downgrade de pacotes, mas o fará se você o especificar.


Obrigado - isso parecia fazer o truque. As atualizações futuras causarão algum conflito com essa solução?
Radek

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Eles provavelmente podem causar problemas de atualização, sim. Para impedir que um pacote seja atualizado, execute-o para cada pacote:echo packagename hold | sudo dpkg --set-selections
Rucent88

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Aqui em janeiro de 2016, no Ubuntu 14.04.2 (e com o R 3.2.2), eu precisava do seguinte para instalar o rgdal e o pacote complementar (e frequentemente muito útil) do gdalUtils instalado:

sudo apt-get update
sudo apt-get -y install libgdal1h
sudo apt-get -y install libgdal1-dev
sudo apt-get install libproj-dev
sudo apt-get install gdal-bin
Rscript 'install.packages(c("rgdal", "gdalUtils"))'

Atualização: como em janeiro de 2017, a versão da libgdal é 1i, então a segunda linha de código deve ser:

sudo apt-get -y install libgdal1i

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Abra o terminal pressionando (Ctrl + alt + T) e digite o seguinte comando.

sudo apt-get update

sudo apt-get install -f

(Ele corrigirá dependências.)

sudo apt-get autoremove

(removendo pacotes desnecessários)

sudo apt-get clean

(Limpar cache)


Obrigado. Eu tentei sua solução (a remoção automática não expulsou nada) - infelizmente não ajudou.
Radek 26/10/12

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Ele remove se houver algum pacote desnecessário; às vezes, torna-se importante removê-lo quando o sistema o possuir.
Ketan Patel 26/10/12

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Para instalar o rgdal no Ubuntu 12.04, eu tive que instalar (e manter) muitos pacotes específicos de versão. Basicamente, tentei cada pacote e instalei as versões necessárias das dependências até poder voltar ao objetivo original, instalar o libgdal1-dev

sudo apt-get install libspatialite3=3.0.0~beta20110817-3
echo libspatialite3 hold | sudo dpkg --set-selections
sudo apt-get install libspatialite-dev
sudo apt-get install libgeos-c1=3.3.3-1.1~pgdg12.4+1
echo libgeos-c1 hold | sudo dpkg --set-selections
sudo apt-get install libgdal1=1.9.0-3.1~pgdg12.4+1
echo libgdal1 hold | sudo dpkg --set-selections

sudo apt-get install libgdal-dev
sudo apt-get install libgdal1-dev
gdal-config # now works, and can now install rgdal
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