Você pode usar hciconfigpara fazer isso.
Primeiro, conecte manualmente o mouse como costuma fazer, abra um terminal e execute hciconfig -apara recuperar o nome. Deve ser algo como hciXonde Xestá o número do seu dispositivo. Você pode usar hcitool scan, ele deve dar o nome também.
Feito isso, você pode forçar a detecção do dispositivo bluetooth executando
sudo hciconfig <name_of_your_mouse> reset
A fim de fazer isso automaticamente em cada inicialização, você quer editar /etc/init.d/bluetoothe acrescentar a linha mágica no final do arquivo: hciconfig <name_of_your_mouse> reset. Em seguida, salve, reinicie e deve funcionar para sempre.
Verifique também se o mouse está conectado no momento da inicialização. Se você conectá-lo após a inicialização, terá que detectar manualmente o mouse novamente.
Espero que isto ajude.