Consegui fazer isso esta noite depois de ter problemas semelhantes a você na primeira tentativa no início do dia.
Uma coisa que notei após essa tentativa foi que os arquivos do kernel no Synaptic Package Manager são muito confusos e referenciam diferentes versões do kernel. Então a primeira coisa que fiz foi limpar toda essa bagunça.
No entanto, você precisará primeiro esclarecer sua situação atual, se ainda não o fez.
Abra um terminal e digite:
sudo sh /usr/share/ati/fglrx-uninstall.sh
sudo apt-get remove --purge fglrx fglrx_* fglrx-amdcccle* fglrx-dev*
Reinicie.
Então entre no Synaptic Package Manager ( sudo apt-get install synaptic
se você ainda não o possui) e filtre em "linux". Em seguida, classifique em ordem alfabética e procure as linhas que começam com "linux". Você verá que um arquivo está marcado para atualização [!]. Atualize isso e reinicie.
Depois de reiniciar, volte ao Synaptic e faça o mesmo filtro novamente. Usando uma instalação / desinstalação criteriosa, tente e verifique se todos os arquivos relevantes do kernel instalado, incluindo os arquivos do tipo "cabeçalhos", estão todos relacionados à mesma versão do kernel. Tirei o último ".18".
Depois de fazer isso, feche o Synaptic e abra o terminal e digite o seguinte:
sudo apt-get install linux-headers-$(uname -r)
Reinicie novamente apenas para uma boa medida e quando voltar, abra um terminal e digite o seguinte:
uname -r
Agora você deve ter a versão mais recente (.18) do kernel.
Abra um terminal e digite:
sudo apt-get install build-essential cdbs dh-make dkms execstack dh-modaliases
sudo apt-get install ia32-libs lib32gcc1
Isso deve levar um bom tempo.
cd /usr ; sudo ln -svT lib /usr/lib64
Reinicie novamente para uma boa medida.
Agora, entre no centro de software Ubuntu, clique em Editar na barra de tarefas e selecione Fontes de software. Selecione a opção do meio na guia drivers adicionais e clique em "aplicar alterações".
Feito isso, reinicie e digite o seguinte em um terminal:
sudo aticonfig --initial -f
Em seguida, reinicie mais uma vez.
Agora tudo o que você precisa fazer é digitar "amd" no traço para iniciar o Catalyst e configurar o driver como desejar.
Reconheço que algumas das reinicializações podem ser desnecessárias, mas foi exatamente isso que fiz e agora tenho uma nova e agradável instalação do Ubuntu 12.10.