A maioria dos terminais parece usar copiar no botão de seleção e no botão do meio para colar a seleção ou botão do meio emulado para colar (usando os dois botões do mouse de uma vez). Esse é o comportamento típico do Unix, e a emulação é o uso atualizado exigido pelos mouses do tipo Microsoft com apenas dois botões ou dois botões e uma roda de rolagem.
Os botões do mouse podem ser remapeados com xinput ou outros meios. Isso será diferente de versão para versão e nos diferentes modelos de mouse. Veja a documentação da comunidade Ubuntu para isso.
Veja também esta pergunta , que é o inverso do procedimento necessário.
Os terminais que utilizo selecionar para copiar e copiar para o meio incluem terminal Gnome, terminal xfce, Eterm, xterm comum, uxterm, rxvt, mrxvt e aterm. Tenho certeza que existem outros.
Meu terminal principal, terminador (use o apt-get ou o centro de software para instalar), permite escolher copiar ao selecionar como uma opção (com um único clique):
Abra a preferência e clique na caixa 'copiar ao selecionar':