Sei que esse é um tópico antigo, mas ainda tenho problemas para encontrar uma boa alternativa, talvez eu tenha altos padrões.
Há um artigo de 4 anos sobre isso.
Mas a questão é: por que o Nautilus é tão ruim no modo de dois painéis? Por que é tão lento ao navegar nas pastas? E, por que todos os outros gerenciadores de arquivos do artigo são tão feios?
Eu gosto do Krusader, mas não parece tão bom quanto o Nautilus.
O Nautilus é lento devido à sofisticada renderização da GUI? É difícil criar um gerenciador de arquivos que seja adequado ao Unity?
Qual é a sua experiência e qual gerenciador de arquivos você está usando?
EDITAR:
Eu obtive resultados interessantes ao fazer o Krusader parecer nativo no Unity . Eu gosto agora.