Para definir o zoom padrão, você pode configurá-lo no programa e, em seguida, editar> 'salvar configurações atuais como padrão' ou selecionar seu valor e executar
gsettings set org.gnome.Evince.Default zoom 1.75
No entanto , acho que o que você realmente está se referindo é quando, digamos, que você tem um grande nível de zoom de 175% e a barra lateral ativada e o modo contínuo ativado, a rolagem para a próxima página altera o zoom. Isso faz com que a página fique fora do centro e você deve ajustá-la manualmente a cada vez, como mostra a primeira captura de tela abaixo.
Para alterar esse comportamento, a única correção real é selecionar a opção 'ajustar a largura da página', indo para exibir> 'ajustar a largura da página'. Em seguida, vá em editar> 'salvar configurações atuais como padrão'. Isso eliminará o problema, como mostra a segunda captura de tela, embora o nível de zoom caia um pouco, pois você não pode definir um nível de zoom e ter a opção 'ajustar a largura da página' ativada.