Se eu entendi a pergunta corretamente, você gostaria de poder mudar os espaços de trabalho independentemente para cada tela, para que, por exemplo, a tela esquerda possa estar no espaço de trabalho 1 e a tela direita no espaço de trabalho 3. Isso é suportado por alguns gerenciadores de janelas, a maioria principalmente o XMonad , e eu pessoalmente acho extremamente conveniente em uma configuração de cabeça dupla. Além disso, é perfeitamente possível integrar o XMonad ao GNOME sem sacrificar a usabilidade.
Na minha máquina doméstica, atualmente tenho uma configuração muito mais simples, com o gerenciador de janelas padrão. Eu gosto de ter um reprodutor de música visível em uma das telas o tempo todo, então apenas fixei o reprodutor no local de trabalho visível para emular um "espaço de trabalho separado". Isso realmente não resolve um problema, mas pode ser útil de qualquer maneira.