Você pode fazer isso usando at e ntpdate . at provavelmente já está instalado, mas o ntpdate pode não estar. (apt-get install ntpdate).
Primeiro, crie um pequeno script que execute ntpdate, vamos chamá-lo de update_time.sh.
#!/bin/bash
ntpdate pool.ntp.org
No seu arquivo .bash_login (que pode ser necessário para criar), adicione isto:
at -f ~/update_time.sh now + 1 minute
Isso deve fazer o que você quer. Você pode alterar o atraso que em usos para ser 5 minutos, 10 minutos etc.
Edição: Acabei de perceber que você precisará ser root para executar ntpdate
. Você precisará definir o bit SUID no script update_time.sh que eu mencionei. Você pode fazer isso executando isso a partir do comando (só precisa ser executado uma vez):
sudo chmod 4711 update_time.sh
sudo chown root update_time.sh